Spiritualität, gelebter Glaube, ist selbstverständlicher Bestandteil des schulischen Lebens in Gaienhofen. Jeden Mittwoch Morgen versammeln sich die Schüler ab Klasse 9 mit ihren Lehrern in der Melanchthonkirche, erleben Gemeinschaft als Schulgemeinde, kommen zur Ruhe und nehmen wertvolle Impulse mit in den Alltag. Biblische Texte, Bilder, weltlich und geistlich Herausragendes, Lieder, Gedenken an historisch bedeutsame Ereignisse und ethische Fragestellungen geben Orientierung, Kraft und Halt im bisweilen hektischen Alltag.
Mittwochs-Andachten bilden in mehrerlei Hinsicht den Mittelpunkt des schulischen Lebens: zum einen geben sie in der Mitte der Woche für Schüler und Lehrer Gelegenheit, um Rückschau und Vorausschau zu halten. Zum anderen bieten Andachten Raum zur Reflexion über christliche Werte, die Grundlage sind für das Zusammenleben mit Klassenkameraden, Lehrern, in der Schulgemeinschaft und in der Gesellschaft.
Gerne beteiligen sich Schüler bei den Andachten, teilen so ihre eigenen Gedanken und Standpunkte mit anderen. Mit Schulgottesdiensten zu den hohen kirchlichen Festtagen und zu besonderen Momenten im Schuljahr leben und erleben Schüler den Rhythmus des Kirchenjahres und wachsen in den kirchlichen Festkreis hinein. Letztendlich bildet der Rahmen einer kirchlichen Feier der Anfang und Endpunkt der Schulzeit in Gaienhofen: Sowohl Einschulungsfeier für die Fünftklässler wie Abiturentlassfeier finden in der Melanchthonkirche statt.